端末からファイルを削除した場合、バックアップ済みのファイルも削除されるのですか?

いいえ。

端末側で削除されたファイルは、AOSBOXでバックアップ済みであるならばそのままクラウドに残ります。間違ってデータを消したりしても、後で復元することができます。